Southern blotting
①Hybridization solutionを作製する。(例:200 mL)
1
50 % de ionized formamide 88 mL
2.
5×denhardts solution 20 mL
3.
10 % Dextran sulphate Na salt 20 g(溶けにくい!)
4.
5×SSPE 50 mL
5.
1 % SDS 20 mL
始めに1-4まで液を作ってから最後に5を行うのが好ましい。(泡立つため)   
1-4の作製の際には3の粉が溶けにくいため42 ℃で温めながら行うとよい。
1-5まで完了したら混合
salmon sperm DNA(ss DNA)2 mLを95 ℃, 5 min後 on ice 5 min
42 ℃に保温
②Pre hybridization
トランスファー済の乾燥membraneをRO水に浸す。(500mLほど)5 min
5×SSCに浸す、5 min
ガラス筒の中にmembraneを入れ、30 mLずつHybridization solutionを入れる。混合。(membraneがガラス面によく引っ付くようにする)
42 ℃、2時間ハイブリダイゼーションオーブンで攪拌。
③probe作製
1.5 mLチューブにDNA 12.5 ngを1 μL、primer 1 μL、MillQ 5 μL入れる。
95 ℃、3 min後on ice(氷水)5 min
×10 Buffer 1.25 μL dNTP 1.25 μL入れる。
標識dNTP 2.5 μL加える。(ここからはRI室で行う)
Exo free klenow Fragment 0.5μL入れる。
37 ℃、10 min
ペーパークロマトグラフィーによるprobeチェック
ペーパークロマト試験紙に赤い点で印を付ける。
その点に1 μL probeをつける
赤点につかないようにギ酸アンモニウムをつけ1 分間静置。
サランラップにはさみ、現像する。
95 ℃、3 min
氷水で急冷
④Hybridization
氷上で急冷した後、100 μLのTEを作製したprobeの中に入れて溶かす。
あらかじめ30 mL Hybridization solutionを入れておいた50 μLチューブの中に50 μLずつ先ほどのprobe入りのTEを入れる。
ふたを閉めて、思い切りふりmembraneに染込ませる。
オーバーナイト42 ℃、Rotation(ハイブリオーブンで)
0.3% SSC、0.1% SDSを適当量いれ、タッパにmembraneをつける。それを50 ℃に保ったインキュベーターに5 min程入れる。この操作を3回行う。
membraneをタンパク面を上にしてフィルターの上に乗せ、サランラップで巻き、カセットに入れる。
暗室でフィルムを切ってカセットの中にしっかり入れる。
-80 ℃で数時間保存
現像する。

 



 
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