①Hybridization solutionを作製する。(例:200
mL) |
1 |
50 % de ionized formamide 88 mL |
2. |
5×denhardts solution 20 mL |
3. |
10 % Dextran sulphate Na salt 20 g(溶けにくい!) |
4. |
5×SSPE 50 mL |
5. |
1 % SDS 20 mL |
始めに1-4まで液を作ってから最後に5を行うのが好ましい。(泡立つため)
1-4の作製の際には3の粉が溶けにくいため42 ℃で温めながら行うとよい。 |
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1-5まで完了したら混合 |
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salmon sperm DNA(ss DNA)2 mLを95 ℃, 5 min後 on ice
5 min |
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42 ℃に保温 |
②Pre hybridization |
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トランスファー済の乾燥membraneをRO水に浸す。(500mLほど)5 min |
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5×SSCに浸す、5 min |
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ガラス筒の中にmembraneを入れ、30 mLずつHybridization solutionを入れる。混合。(membraneがガラス面によく引っ付くようにする) |
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42 ℃、2時間ハイブリダイゼーションオーブンで攪拌。 |
③probe作製 |
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1.5 mLチューブにDNA 12.5 ngを1 μL、primer 1 μL、MillQ
5 μL入れる。 |
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95 ℃、3 min後on ice(氷水)5 min |
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×10 Buffer 1.25 μL dNTP 1.25 μL入れる。 |
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標識dNTP 2.5 μL加える。(ここからはRI室で行う) |
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Exo free klenow Fragment 0.5μL入れる。 |
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37 ℃、10 min |
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ペーパークロマトグラフィーによるprobeチェック |
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ペーパークロマト試験紙に赤い点で印を付ける。 |
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その点に1 μL probeをつける |
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赤点につかないようにギ酸アンモニウムをつけ1 分間静置。 |
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サランラップにはさみ、現像する。 |
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95 ℃、3 min |
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氷水で急冷 |
④Hybridization |
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氷上で急冷した後、100 μLのTEを作製したprobeの中に入れて溶かす。 |
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あらかじめ30 mL Hybridization solutionを入れておいた50 μLチューブの中に50
μLずつ先ほどのprobe入りのTEを入れる。 |
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ふたを閉めて、思い切りふりmembraneに染込ませる。 |
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オーバーナイト42 ℃、Rotation(ハイブリオーブンで) |
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0.3% SSC、0.1% SDSを適当量いれ、タッパにmembraneをつける。それを50
℃に保ったインキュベーターに5 min程入れる。この操作を3回行う。 |
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membraneをタンパク面を上にしてフィルターの上に乗せ、サランラップで巻き、カセットに入れる。 |
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暗室でフィルムを切ってカセットの中にしっかり入れる。 |
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-80 ℃で数時間保存 |
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現像する。 |