| 昭和14年 3月 | 医学部薬品分析化学講座、薬品製造学講座新設 医学部薬学科新設 |
| 15年 6月 | 有機薬化学講座新設 |
| 15年12月 | 無機薬化学講座新設 |
| 16年 4月 | 生薬学講座新設 |
| 16年12月 | 学位の称号に薬学博士が加わる 医学部薬学科第1回卒業式挙行 |
| 24年 5月 | 新制京都大学設置 |
| 26年 4月 | 薬剤学講座新設 |
| 27年 4月 | 生物薬品化学講座新設 |
| 28年 4月 | 京都大学大学院薬学研究科薬学専攻設置 |
| 29年 4月 | 医学部有機微量元素分析総合研究施設設置 |
| 35年 4月 | 薬学部（薬学科）設置、薬品分析学、薬品製造学、有機薬化学、無機薬化学、生薬学、薬剤学、生物薬品化学の各講座新設（医学部同講座の廃止） 有機微量元素分析総合研究施設を薬学部に附置 |
| 36年 4月 | 製薬化学科、薬用植物化学講座新設 |
| 37年 4月 | 薬品作用学講座、薬品工学講座新設 |
| 38年 4月 | 薬品物理化学講座、衛生化学講座新設 |
| 39年 4月 | 放射性薬品化学講座新設 |
| 40年 4月 | 薬学研究科製薬化学専攻設置 |
| 41年 4月 | 薬品作用学講座を薬理学講座に、生物薬品化学講座を生物化学講座に改称 |
| 48年 4月 | 薬学部附属薬用植物園設置 |
| 62年 5月 | 薬品工学講座を微生物薬品学講座に改称 |
| 平成 5年 4月 | 薬学研究科に情報薬学講座（薬学科無機薬化学講座振替）、分子作用制御学講座（新設）、遺伝子薬品学講座（新設）を基幹講座とし、病態機能分析学、動態制御システム薬剤学、生物有機化学（化学研究所）、生体機能化学（化学研究所）、医療薬剤学（医学部附属病院）の各講座を協力講座とする薬品作用制御システム専攻（独立専攻）修士課程設置 |
| 7年 4月 | 薬学研究科薬品作用制御システム専攻（独立専攻）博士後期課程設置 |
| 9年 4月 | 大学院重点化により、薬学専攻、製薬化学専攻、薬品作用制御システム専攻を創薬科学専攻、生命薬科学専攻、医療薬科学専攻の3専攻8大講座に改組 薬学部薬学科、製薬化学科を総合薬学科の1学科に改組 |
| 10年 4月 | 薬学部附属薬用植物園を大学院薬学研究科の附属に移行 |
| 11年 4月 | 大学院生命科学研究科発足に伴い協力講座生理活性制御学分野､神経機能制御学分野設置 |
| 14年 4月 | 薬品製剤設計学講座薬品分子構造学分野を同講座ゲノム創薬科学分野に改称 薬品機能統御学講座に構造生物薬学分野を新設 |
| 14年10月 | 薬学研究科総合研究棟新営工事竣工 |
| 15年 4月 | 寄附講座「創薬神経科学講座」新設 薬学研究科附属創薬・医療連携薬学コア部門新設 |
| 15年 8月 | 寄附講座「医薬品理論設計学講座」新設 |
| 15年 9月 | 21世紀ＣＯＥプログラム採択に伴い協力講座生命知識システム学分野設置（設置期間：21世紀ＣＯＥプログラム実施期間） |
| 16年 4月 | 国立大学法人京都大学設立 |
| 18年 4月 | 薬学部の総合薬学科を薬科学科、薬学科に改組 薬学研究科附属統合薬学フロンティア教育センター新設（附属創薬・医療連携薬学コア部門の廃止） 薬品動態医療薬学講座に臨床薬学教育分野を新設 |
| 19年 3月 | 薬学研究科本館改修工事竣工 |
| 19年 4月 | 薬学研究科医薬創成情報科学専攻設置 |
| 19年 5月 | 寄附講座「ナノバイオ医薬創成科学講座」新設 |
| 20年10月 | 寄附講座「システム創薬科学講座」新設 |
| 21年 4月 | 革新的ナノバイオ創薬研究拠点新設 |
| 22年 4月 | 最先端創薬研究センター新設 統合薬学教育開発センター新設 |
| 24年 4月 | 創薬科学専攻、生命薬科学専攻、医療薬科学専攻（博士後期課程）を薬科学専攻（博士後期課程）に改組薬学専攻（博士課程）新設
寄附講座「医薬産業政策学講座」新設 |
| 26年 5月 | 附属薬用植物園移設 |
| 29年 3月 | 医薬系総合研究棟新営工事竣工 |
| 令和3年 5月 | 産学共同講座「ナノバイオ医薬創生科学講座」新設 |
| 令和4年 4月 | 薬学研究科創発医薬科学専攻設置 |